Além do conflito político, havia o religioso entre: os católicos romanos; os cristãos orientais, divididos entre si; e os grupos da Reforma. É nesse cenário que padre Bobola marcou sua presença de fé tranqüila e pacífica, alicerçada pelo estudo e pelo gosto pessoal dos diálogos e debates vigorosos com as demais pessoas.

Ele não vivia sem a pregação. Todos, católicos ou não, admiravam sua coragem. Os inimigos o chamavam de "caçador de almas" com uma aversão que era mais um reconhecimento ao seu valor e a sua coragem frente a tudo e todos.

Uma revolta dos cossacos, a serviço do Império Russo, inimigo da Polônia, desencadeou uma perseguição político-religiosa sem precedentes. As igrejas, conventos e seminários foram incendiados e os católicos torturados e martirizados. Todavia, padre André Bobola não desistiu do apostolado nem diminuiu sua pregação. No dia 16 de maio de 1657, os cossacos o capturaram e após muito suplício e tortura, foi cruelmente assassinado.

Os católicos levaram seu corpo para Pinsk, onde todos foram venerá-lo, mesmo os ortodoxos e os dissidentes. Ali suas relíquias repousaram até o ano de 1808, quando foi trasladado para Polock, na Rússia Branca, antiga União Soviética.

Em 1922, depois da revolução bolchevista seu corpo foi levado para um museu médico em Moscou. Mas no ano seguinte o entregaram à uma comissão de jesuítas, depois de acertos oficiais entre o Papa Pio XI e as autoridades do governo russo.

Assim, a urna do jesuíta mártir foi conduzida a Roma, em 1924, e depositada na Igreja de Jesus. Em 1938, o Papa Pio XI o proclamou santo e suas relíquias seguiram, numa última viagem, à Varsóvia, Polônia. Santo André Bobola viveu apenas sessenta e seis anos, mas seu corpo viajou por toda a Europa ao longo de três séculos. Ele foi declarado: padroeiro da Polônia, junto com Nossa Senhora de Czestochowa, e apóstolo da Lituânia.