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Iniciou a sua atividade na vastíssima
Arquidiocese, empreendendo uma atividade apostólica de ação
multifacetada e de cunho reformador. Realizou incontáveis visitas
pastorais; empenhou-se na evangelização do povo, para isso,
publicou o "Catecismo ou doutrina cristã e práticas
espirituais" que continua sendo editado. Atento e solicito à
cultura e santificação do clero, instituiu aulas de teologia moral
em vários locais da diocese e escreveu cerca de trinta obras
doutrinais, cujas publicações atingiram o terceiro milênio. Uma
que mereceu particular importância foi o "Stimulus
Pastorum", distribuída aos Padres dos Concílios Vaticano I e
II, e que foi editada mais de vinte vezes.
Esse empenho reformador o Bispo Bartolomeu dos Mártires imprimiu,
também, em espaços estruturais e durante toda a sua vida. Em 1560
confiou aos Padres jesuítas o ensino públicos à cargo da
Arquidiocese de Braga, que originou o excelente Colégio de São
Paulo.
No ano seguinte, construiu o convento da Santa Cruz, na cidade de
Viana do Castelo.
Participou no Concílio de Trento, de 1561 a 1563, onde apresentou
mais de duzentas e sessenta petições como síntese das interpelações
de Reforma para a Igreja. Solidificou ainda mais a marca do grande
reformador que era, quando no ano seguinte, efetuou em Braga um Sínodo
Diocesano, e, depois de dois anos, um outro, Provincial.
Foi ele também que entre 1571 e1572 idealizou e iniciou a construção
do Seminário Conciliar no Campo da Vinha. Nesse ano decidiu
renunciar ao Arcebispado de Braga. Foi para o convento da Santa
Cruz, onde se manteve recolhido, dedicando-se aos estudos eclesiásticos
e a pregação, até morrer em 16 de julho de 1590. Reconhecido e
aclamado pelo povo por sua santidade como pai dos pobres e dos
enfermos, seu túmulo se encontra na antiga igreja dominicana em
Viana do Castelo, Portugal.
O Papa João Paulo II o proclamou em 2001, Beato Bartolomeu
Fernandes dos Mártires, no dia litúrgico de Santo Carlos Borromeu,
com quem o Beato trabalhou arduamente na concretização dos
objetivos do Concilio de Trento.
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