Em 1915 foi transferido para Gand e no ano seguinte era ordenado sacerdote. Logo foi nomeado vigário da paróquia de Santa Colete, nesta diocese, iniciando seu ministério entre a população mais pobre, difundindo a devoção à Eucaristia e à Virgem Maria. Preocupado em preparar as crianças para a Primeira Comunhão, formou um grupo de jovens catequistas para dar ênfase à devoção Eucarística. Logo este trabalho tornou-se conhecido e instituído em outras paróquias da diocese. Assim, padre Eduardo elaborou e escreveu "O manual do catequista eucarístico", em 1917, idealizado segundo os decretos de Papa São Pio X. Mas não criou apenas o "manual", ele instituiu a "Liga da Comunhão freqüente", estendida aos operários também.

O seu apostolado foi interrompido em 1918, quando foi nomeado diretor do convento das Irmãs de São Vicente de Paulo em Moerzeke-lez-Termonde. Alí continuou com sua preocupação em manter acesa a chama da fé cristã nos jovens catequistas, todos filhos de famílias socialistas e anticlericais. Por isto, publicou um semanário intitulado "Zonneland", que significa "País do Sol", direcionado à "Cruzada eucarística Pio X" de toda a Bélgica.

Mais tarde os problemas de sua saúde se agravaram. Padre Eduardo convivia desde a infância com uma doença congênita no coração. Por este motivo foi obrigado a viver numa poltrona. E foi neste período que ele escreveu sua extensa e notável bibliografia catequética com ênfase na Eucaristia. Dela se destacaram as obras: "Direção espiritual dos jovens" de 1920; "Salvemos os operários" de 1923, "Apostolado eucarístico paroquial" de 1923, "O amigo dos jovens" e "O método educativo eucarístico", ambos de 1924. Inclusive outras publicadas depois de sua morte.

Em 1921 o Cardeal o nomeou diretor espiritual do CIBI de Leopoldsburgo, reservado aos noviços que se destinavam ao serviço do altar, alí também seu ministério floresceu. Porém, aos trinta e quatro anos de idade, padre Eduardo Poppe morreu repentinamente, no dia 10 de junho de 1924, no convento de Moerzeke-lez-Termonde, durante o período das férias. A sua morte causou forte comoção popular e no meio do clero, sendo imediatamente venerado por sua santidade. Ele foi beatificado em 1999, pelo Papa João Paulo II, que o nomeou de o "Pedagogo da Eucaristia".