Antes de tudo restabeleceu a observância das regras religiosa nas comunidades da ordem. Depois, trabalhou para a reativação das missões de Los Llanos de Casanare, exercida anteriormente pelos agostinianos recoletos. Com cartas exaltando a necessidade e o valor das missões despertava o entusiasmo do governo e das autoridades eclesiásticas, além de estimular o ânimo dos religiosos.

Ezequiel Moreno foi consagrado Bispo de Pinara e vigário apostólico de Casanare, em 1894. Pretendia acabar ali os seus dias, porém Deus o tinha destinado para uma tarefa mais árdua e delicada. Um ano depois foi nomeado Bispo de Pasto. Este novo ministério foi seu verdadeiro calvário, sendo submetido à humilhações, menosprezo, calúnias, perseguições. Chegou, em algumas circunstancias, a experimentar momentos de abandono por parte dos seus irmãos do clero. Assim, para por um fim às polêmicas existentes, em 1898 foi para Roma apresentar sua renuncia ao Papa Leão XIII, que este não aceitou. Teve então de retornar à sua sede episcopal, onde além dos novos ataques pessoais, o esperavam as aflições da sangrenta guerra civil que se desencadeara.

Adoeceu em 1905, passando por um rápido e sofrido final. Acometido por um câncer agressivo no nariz, depois de duas operações sem êxito, feitas na Espanha. Morreu no dia 19 de agosto de1906, na sua cela do Convento de Monteagudo, sendo sepultado na igreja de Nossa Senhora do Caminho, deste convento.

A fama de sua santidade se difundiu entre os cristãos, sobretudo nos da Colômbia. Muitas curas, especialmente de câncer, foram atribuídas à sua intercessão, sendo beatificado em 1975. O anúncio de sua canonização foi feito pelo Papa João Paulo II em 1992, na cidade de São Domingos, quando apresentou Santo Ezequiel Moreno y Diaz ao mundo como exemplo de missionário e pastor, na festa do V Centenário da Evangelização da América.