Os papéis se inverteram e Inácio passou a ser mestre de seu professor, ensinando-lhe o difícil caminho da humildade e dos exercícios espirituais. Francisco, por fim, se retirou por quarenta dias na solidão preparando-se para receber a ordenação sacerdotal, em 1554. Celebrou sua primeira missa com trinta e um anos e se tornou co-fundador da Companhia de Jesus. Passou então a cuidar dos doentes leprosos, doença de então, segregados pela sociedade. Com outros companheiros fixou-se em 1537, em Veneza, onde recolhia das ruas e tratava aqueles a quem ninguém tinha coragem de recolher. Foi então que D. João III, rei de Portugal, pediu a Inácio de Loyola para organizar um grupo de sacerdotes que acompanhassem as expedições ao Oriente e depois evangelizassem as Índias. O grupo estava pronto e treinado, quando um dos missionários adoeceu e Francisco Xavier decidiu tomar o seu lugar. O navio com novecentos passageiros, dentre eles: Francisco Xavier, partiu da capital Lisboa com destino à Índias. Foi o início de uma viagem perigosíssima e cheia de transtornos, que demorou praticamente um ano. Durante todo esse tempo, Francisco trabalhou em todos os serviços mais humildes do navio. Era auxiliar de cozinha, faxineiro e enfermeiro. Mas, finalmente, chegaram ao porto de Goa. Desde então Francisco Xavier realizou uma das missões mais árduas da Igreja Católica. Ia de aldeia em aldeia, evangelizava os nativos, batizava as crianças e os adultos. Reunia as aldeias em grupos, fundava comunidades eclesiais e deixava outro sacerdote para tocar a obra, enquanto investia em novas frentes apostólicas noutra região. Acabou saindo das Índias, para pregar no Japão, além de ter feito algumas incursões clandestinas na China. Numa delas, na ilha de Sacian, adoeceu e uma febre persistente o debilitou levando-o à morte, em 03 de dezembro de 1552, com apenas quarenta e seis anos de idade. A Igreja o beatificou em 1619 e, pouco depois, foi canonizado em 1622. Celebrado no dia de sua morte como exemplo do missionário moderno. Santo Francisco Xavier foi, com toda justiça, proclamado pela Igreja patrono das missões, que pelo trabalho tão significativo recebeu o apelidado de "São Paulo do Oriente".