Entretanto, Deus tinha outros planos para ele. Na organização dos "Padres Brancos" havia um outro sacerdote, que possuía exatamente o seu nome: Ascânio Caracciolo, só que este era mais velho. Certo dia de 1588, o correio cometeu um erro, entregando uma carta endereçada ao Ascânio mais velho, para o mais jovem, no caso ele. A carta fora escrita pelos sacerdotes João Agostinho Adorno, e por Fabrício Caracciolo, abade de santa Maria Maior de Nápolis. E ambos se dirigiam ao velho Ascânio Caracciolo para pedir que colaborasse com a fundação de uma nova Ordem, a dos "Clérigos Regulares Menores", dando alguns detalhes sobre o carisma que desejavam implantar. O jovem Ascânio, percebeu que esta nova Ordem, vinha de encontro com o que ele procurava e foi conversar com os dois sacerdotes. Depois os três se isolaram no mosteiro dos camaldulenses, para rezar, jejuar e pedir a luz do Espírito Santo para a elaboração das Regras. Ao final de quarenta dias, com os regulamentos prontos, Ascânio propôs que fosse incluído um quarto voto, alem dos três habituais de pobreza, obediência e castidade: o de não aceitar nenhum posto de hierarquia eclesiástica. Aceito e incorporado à nova Ordem.

Quando a comunidade contava com doze integrantes, os três foram ao Papa Xisto V, pedir sua aprovação, concedida no dia 01 de junho de 1588. Um ano depois Ascânio vestiu o habito dos Clérigos Regulares Menores tomando o nome de Francisco, em homenagem ao Santo de Assis, no qual se espelhava. Eles pretendiam estabelecer-se em Nápolis, mas o Papa sugeriu que fossem para a Espanha, região que carecia de novas Ordens. Porém ao chegarem em Madri, o rei não permitiu a sua fundação. Voltaram para Nápolis. Nessa ocasião morreu Adorno, que era o Prepósito Geral da Ordem, tarefa que Francisco Caracciolo assumiu com humildade até morrer.

Fiel ao pedido do Papa, não desistiu da Espanha, para onde voltou outras vezes. Entre 1595 e 1598, Francisco fundou em Valadolid, uma casa de religiosos, em Alcalá um colégio e em Madri um seminário, no qual foi mestre dos noviços. Mais tarde retornou para a Casa mãe em Nápolis, que fora transferida para Santa Maria Maior devido ao seu rápido crescimento. Foram atividades intensas que seu corpo frágil logo se ressentiu. Adoeceu durante uma visita aos padres do Oratório da cidade de Agnone e morreu, aos quarenta e quatro anos de idade, em 04 de junho de 1608. Canonizado em 1807, pelo Papa Pio VII, São Francisco Caracciolo foi consagrado co-padroeiro de Nápolis, em 1840.