No Brasil a evangelização começara há apenas dezesseis anos, mas o trabalho dos jesuítas dava frutos em profusão. A Companhia de Jesus já estava presente em sete tribos no interior e, no litoral, possuía escolas e seminários.

Ao voltar, Inácio relatou ao Geral que o trabalho ia muito bem, mas poderia render ainda mais, se houvesse um número maior de missionários. Recebendo autorização do Superior, recrutou jesuítas na Espanha e Portugal. Após cinco meses de preparativos, ele e mais trinta e nove companheiros partiram para o Brasil, a 05 de junho de 1570, num navio mercante.

Na mesma data, partiu também uma embarcação de guerra comandada por dom Luis Vasconcelos, Governador do Brasil, onde seguiam mais trinta jesuítas. Oito dias depois, os dois navios pararam na ilha da Madeira, para esperar ventos mais fortes e melhor direcionados. O navio de guerra ali permaneceu, mas o capitão do mercante, que era Inácio, resolveu zarpar em direção às ilhas Canárias.

Apesar dos boatos da existência de piratas calvinistas no caminho, que estariam no encalço dos jesuítas, ele não quis ouvir os conselhos de não seguir viagem. Inácio e seus parceiros preferiram permanecer a bordo e não desistir, pois não temiam a morte. Ela de fato os encontrou em alto mar. O navio foi atacado pelo corsário calvinista francês Jacques Sourie, que partira de La Rochelle, justamente no encalço dos missionários. O navio foi dominado, os tripulantes e demais passageiros poupados, mas todos os jesuítas foram degolados imediatamente. Era o dia 15 de julho de 1570.

O culto à Inácio de Azevedo e companheiros foi aprovado pelo Papa Pio IX, em 1854. A festa ocorre no dia da morte destes quarenta jesuítas, martirizados, pelas mãos de piratas calvinistas, que são venerados como os "Mártires do Brasil".