Mas, em 20 de maio de 1521 uma bala de canhão mudou sua vida. Ferido por ela na tíbia da perna esquerda, durante a defesa da cidade de Pamplona, ele ficou um longo tempo em convalescença. Nesse meio tempo, meio por acaso, trocou a leitura dos romances de infantaria e guerra, por livros sobre a vida dos santos e a Paixão de Cristo. E assim foi tocado pela Graça. Incentivado por uma de suas irmãs, que cuidava dele, não voltou mais aos livros que antes adorava, passando a ler somente livros religiosos. Já curado, trocou a vida de militar, por uma vida de dedicação a Deus. Foi então à capela do santuário de Nossa Senhora de Montserrat, pendurou sua espada no altar e deu as costas ao mundo da corte e das pompas. Durante um ano, de 1522 a 1523, viveu retirado numa caverna em Manresa, como eremita e mendigo, o tempo todo em penitência, na solidão e passando as mais duras necessidades. Alí, durante esse período, preparou a base do seu livro mais importante: "Exercícios Espirituais". E sua vida mudou tanto que, do campo de batalhas, passou a transitar no campo das idéias, indo estudar filosofia e teologia em Paris e Veneza.

Em Paris, a 15 de agosto de 1534, juntou-se à ele, mais seis companheiros e fundou a Companhia de Jesus. Entre eles estava Francisco Xavier, que se tornou um dos maiores missionários da Ordem, e também santo da Igreja. Mas, todos só se ordenaram sacerdotes em 1537, quando concluíram os estudos, ocasião em que ele tomou o nome de Inácio. Três anos depois, o Papa Paulo III aprovou a nova Ordem e Inácio de Loyola foi escolhido para o cargo de Superior Geral. Ele preparou e enviou os missionários jesuítas ao mundo todo, para fixarem o Cristianismo, especialmente aos nativos pagãos das terras do novo continente. Entretanto, desde que esteve no cargo de Geral da Ordem, Inácio nunca gozou de boa saúde. Muito debilitado ele morreu no dia 31 de julho de 1556, em Roma, na Itália.

A sua contribuição para a Igreja e para a Humanidade foi a sua visão do catolicismo, que veio de sua incessante busca interior e que resultou em definições e obras, cada vez mais atuais e presentes nos nossos dias. Ele foi canonizado pelo Papa Gregório XV em 1622. A sua festa é celebrada, na data de sua morte, nos quatro cantos do planeta onde os jesuítas atuam. Santo Inácio de Loyola foi declarado padroeiro de todos os retiros espirituais pelo Papa Pio XI, em 1922.