Entretanto, antes que a batalha iniciasse, João colocou-se entre os dois, pregou, orientou, aconselhou e um pacto de paz foi assinado entre eles para nunca mais haver derramamento de sangue. Desde então ganhou o apelido de "O Pacificador".  O seu fervor ao celebrar o Santo Sacrifício emocionava os fiéis, que em número cada vez maior acorria para ouvir seus ensinamentos. Um fato foi relatado sobre ele e que todos aqueles que estavam dentro da igreja também presenciaram: a forma do corpo de Jesus em uma de suas consagrações. Com isto passou a ser o conselheiro espiritual de todos na cidade e todos seguiam seus conselhos.

Em 1463 ele foi acometido de uma doença muito grave. Nesta ocasião decidiu que depois de curado entraria para uma ordem religiosa. No ano seguinte, ingressou na Ordem dos Eremitas de Santo Agostinho em Salamanca. Conhecido como João de Sahagun, logo foi o noviço sênior enquanto continuava a pregar em público, tornado seus sermões cada vez mais eloqüentes e destemidos.

Consta que durante uma de suas pregações condenava com veemência os poderosos e, ao perceber a presença de um duque que se sentiu atingido pelo discurso, disse diretamente à ele que não temia a morte, como se adivinhasse seus pensamentos.

Chamado de Apóstolo de Salamanca, foi eleito Prior da comunidade em 1478. Ele mesmo previu a sua morte. Que ocorreu como uma conseqüência dos dons que possuía de enxergar o coração das pessoas e de aconselhá-las, para conseguir a conversão e a remissão da vida pecadora destes cristãos. Ele foi envenenado, por vingança de uma ex-amante, cujo companheiro, convertido por ele, a abandonou para voltar à vida familiar cristã.

João de Sahagun morreu em 11 de junho de 1479. Venerado ainda em vida por sua santidade, depois da morte, as graças e milagres por sua intercessão continuaram a ocorrer. O seu culto foi autorizado para o dia 12 de junho, quando foi declarado Santo pela Igreja em 1690. A cidade de Salamanca considera São João de Sahagun um dos seus padroeiros.