Scalabrini como excelente observador da realidade de sua época, fundou um Instituto para surdos-mudos e uma Organização Assistencial para mulheres abandonadas das zonas rurais, pertencentes a sua diocese. Mas o trabalho que mais o instigou e para o qual não media esforços foi o que desenvolveu com os migrantes. Entre os anos de 1850 a1900, eram milhões de europeus que deixaram seus lares e pátria em busca da sobrevivência. Para eles o bispo Scalabrini criou a Casa dos migrantes. 

Um dia, ele estava na estação ferroviária e viu centenas de migrantes esperando, com suas trouxas, o trem que os levaria ao porto de embarque. A situação de pobreza e abandono destes irmãos infelizes marcaram para sempre seu coração. Em seguida, Scalabrini recebeu uma carta de um emigrante da América do Sul, suplicando que um padre fosse para aquele continente, porque, como dizia: "aqui se vive e se morre como os animais".

A partir daquele momento, Scalabrini foi o apóstolo dos italianos que abandonaram a própria pátria. Em 1887, fundou a Congregação dos Missionários de São Carlos Borromeo, conhecidos atualmente como padres scalabrinianos, para a assistência religiosa, moral e social aos emigrantes em todo o mundo e criou a Sociedade São Rafael, um movimento leigo a serviço dos migrantes. Ele próprio planejou e realizou viagens para visitar os missionários na América Latina, pois queria que estivessem estimulados e encorajados a dar a assistência religiosa e social aos emigrantes. Percebendo que sua obra não estava completa, em 1895, fundou a Congregação das Missionárias de São Carlos Borromeo, hoje das irmãs scalabrinianas, e concedeo reconhecimento diocesano às Irmãs Apóstolas do Sagrado Coração, enviando-as para o trabalho com os emigrantes italianos do Brasil em 1900. Apesar de todo esse trabalho, jamais descuidou de sua diocese.

Scalabrini dizia que sua inspiração tinha origem na ilimitada fé em Jesus Cristo presente na Eucaristia e na oferta Dele na Cruz. Morreu no dia 01 de junho de 1905, na cidade de Piacenza, Itália, deixando esta mensagem aos seus filhos e filhas: "Levai onde quer que esteja um migrante o conforto da fé e o sorriso de sua pátria... Devemos sair do templo, se quisermos exercer uma ação salutar dentro do templo". O Papa João Paulo II, o beatificou com o título de "Pai dos Migrantes" em 1997.