Margarida pertencia à família Ebner, muito rica e respeitada, da aristocracia alemã. Ela entrou no mosteiro de Maria Santíssima em Medingen, da Diocese de Augusta, e tinha apenas quinze anos de idade quando vestiu o hábito dominicano.

Depois, de 1314 até 1326, sofreu diversas e graves enfermidades, as quais quase a levaram ao fim da vida. Mais tarde, por causa da guerra, a comunidade monástica se dispersou e Margarida voltou para a casa paterna, na qual continuou a viver totalmente reclusa, dedicada à oração e penitência.

Quando tudo retornou ao normal, ela voltou para a clausura daquele mesmo mosteiro. Em 1332 conheceu o sacerdote Henrique Susso, hoje também Santo, que logo se tornou o seu diretor espiritual. As duras provações físicas por que passou, lhe proporcionaram adquirir os dons das revelações, das visões e das profecias. Tanto assim, que ela escreveu em seu diário que no dia 1o. de novembro de 1347, foi recebida em matrimonio espiritual por Jesus.

Margarida Ebner foi sem dúvida a figura central do movimento espiritual alemão dos "amigos de Deus". A sua espiritualidade segue o ano litúrgico e se concentra na pessoa de Jesus Cristo.