No verão de 1883 costumava ir para o balneário de Loano, na Riviera da Ligúria, onde ajudava as famílias e cuidava dos pescadores doentes em suas casas, dando também assitência as crianças abandonadas. Nesse local se uniu a um grupo de senhoras pias que se dedicavam às obras de caridade. Esse pequeno núcleo se iniciava à uma vida comunitária religiosa, inspirando-se ao ideal de São Francisco de Assis, sob a direção do capuchinho Padre Angélico. Logo o Padre percebeu que Ana Maria tinha uma fantástica capacidade organizadora de obras de caridade e que sua vocação missionária era emocionante, só voltada para a salvação das almas. Por isso, o próprio Padre Angélico a incentivou a criar um novo Instituto. Em janeiro de 1885 vestiu o hábito religioso franciscano, junto com algumas das senhoras. Nascia a família religiosa das "Irmãs Terciárias Capuchinhas de Loano", depois chamadas "Irmãs Capuchinhas de Madre Rubatto", com a finalidade de dar assistência aos enfermos, especialmente em domicílio e proporcionar a educação cristã da juventude.

Ana Maria emitiu os segundos votos em 1886, tomando o nome de Maria Francisca de Jesus. Foi eleita a primeira Madre Superiora do Instituto, cargo que manteve até a morte. A sua obra se difundiu rapidamente na Itália e também na América Latina. A partir de 1892, Madre Maria Francisca começou a viajar para o Uruguai, Argentina e Brasil. Em 1895, fundou a primeira casa do seu Instituto fora do seu país, foi no Uruguai. Depois ela acompanhou um grupo de religiosas à Missão de Alto Alegre, no Maranhão, Brasil, onde em 1901 sete delas morreram mártires sob um dos ataques dos índios. A Argentina também recebeu a semente da sua Obra.

Ao todo foram vinte casas abertas nos vinte anos do seu governo, todas organizadas e fundadas por Madre Maria Francisca. Estava no Uruguai, em Montevidéu quando adoeceu e foi um exemplo cristão, inclusive no sofrimento. Morreu em 06 de agosto de 1904, nessa cidade, onde foi enterrada na capela da primeira casa fundada em terras estrangeiras.  A congregação desde 1964 está presente na Etiópia, África. O Papa João Paulo II a proclamou solenemente como a "primeira Beata do Uruguai" em 1993. A celebração da Beata Maria Francisca Rubatto deve acontecer no dia de sua morte.