Em 1801, duas adolescentes pobres e abandonadas pediram abrigo em seu palácio. Ela não só as abrigou como recolheu muitas outras. Pressentiu que este era o caminho do espírito e descobriu no Cristo Crucificado o ponto central de sua espiritualidade e da sua missão. Abriu o palácio dos Canossa e fez dele não uma hospedaria, mas uma comunidade de religiosas, mesmo contrariando seus familiares.

Sete anos depois, superou as últimas resistências de sua família, deixando em definitivo o palácio. Madalena foi para o bairro mais pobre de Verona, para concretizar seu ideal de evangelização e de promoção humana, fundando a congregação das Filhas da Caridade, para a formação de religiosas educadoras dos pobres e necessitados. Seguindo o exemplo de Maria, a Mãe Dolorosa, ela deixou que o espírito a guiasse até os pobres de outras cidades italianas. Em poucos anos as fundações se multiplicaram, e a família religiosa cresceu a serviço de Cristo.

Madalena escreveu as Regras da Congregação das Filhas da Caridade em 1812, que após dezesseis anos, foram aprovadas pelo papa Leão XII. Mas só após várias tentativas mal sucedidas, Madalena conseguiu dar andamento da Congregação masculina, como havia projetado inicialmente. Foi em 1831 na cidade de Veneza, o primeiro oratório dos Filhos da Caridade para a formação cristã dos jovens e adultos.

Ela encerrou sua fecunda existência terrena numa sexta feira da paixão. Morreu em Verona, assistida pelas Filhas no dia 10 de abril de 1835. As Congregações foram para o Oriente em 1860. Atualmente estão presentes nos cinco continentes e são chamados de Irmãs e Irmãos Canossianos. Em 1988, o papa João Paulo II a proclamou Santa Madalena de Canossa, determinando o dia de sua morte para seu culto litúrgico.