Porém, chegou a Revolução Francesa. Igrejas e conventos eram fechados. Os cárceres ficaram lotados de sacerdotes e religiosos, incluindo Luis. Quando foi libertado, em 1795, ele se ordenou sacerdote e foi para Paris, acompanhado da irmã.

Trabalhando na reconstrução da Igreja aniquilada pela revolução, Madalena confiou sua orientação religiosa ao sábio e famoso padre Varin. Percebendo as necessidades da época e seguindo sua forte inspiração, Madalena fundou com a ajuda do padre, a Congregação do Sagrado Coração de Jesus, para o ensino gratuito de meninas pobres, em 1800. Junto com outras companheiras religiosas vestiu o hábito da ordem e, embora fosse a mais jovem da nova congregação, foi nomeada superiora.

A ordem passou a ter cada vez mais seguidoras e enfrentou muitas dificuldades até obter a aprovação canônica. Para manter as escolas gratuitas, Madalena as criava aos pares: uma para as meninas pobres e outra para as de classe rica, que custeava a primeira. Assim espalhou o carisma da congregação com suas missionárias enviadas pelo mundo.

Durante sessenta e três anos ela fundou cento e vinte e duas escolas, em dezesseis países. Até que pressentiu, três dias antes, sua própria morte. Pediu então exoneração do cargo para esperá-la, despediu-se das religiosas e nomeou sua substituta. Morreu no dia 25 de maio de 1865, em Paris.

Imediatamente vários milagres aconteceram e muitas conversões se sucederam, conforme constam dos registros que regeram sua canonização, proclamada em 1925. Santa Madalena Sofia Barat é festejada no dia de seu transito nos cinco continentes onde a congregação atua em quarenta e quatro países, inclusive no Brasil.