Mais tarde, Marcos acompanhou São Pedro a Roma, quando o jovem começou então a preparar o Segundo Evangelho. Nessa piedosa cidade, prestou serviço também a São Paulo, em sua primeira prisão. Tanto que, quando foi preso pela segunda vez, Paulo escreveu a Timóteo e pediu que este trouxesse seu colaborador, no caso, Marcos, a Roma, para ajudá-lo no apostolado.

Ele escreveu o Evangelho a pedido dos fiéis romanos e segundo os ensinamentos que possuía de São Pedro, em pessoa. O qual além de aprová-lo ordenou sua leitura nas igrejas.

Seu relato começa pela missão de João Batista, cuja "voz clama no deserto". Daí ser representado com um leão aos seus pés, porque o leão, um dos animais símbolos da visão do profeta Ezequiel, faz estremecer o deserto com seus rugidos.

Levando, seu Evangelho, ele partiu para sua missão apostólica. Diz a tradição que São Marcos, depois da morte de São Pedro e São Paulo, ainda viajou para pregar em Chipre, na Ásia Menor e no Egito, especialmente na Alexandria, onde fundou uma das igrejas que mais floresceram.

Ainda segundo a tradição ele foi martirizado no dia da Páscoa, enquanto celebrava o Santo Sacrifício na missa. Mais tarde, as suas relíquias foram trasladadas pelos mercadores italianos para Veneza, cidade que é sua guardiã e que tomou São Marcos como padroeiro, desde o ano 828.