Em 251 o imperador Décio morreu num combate e a perseguição cessou. Mas, Paulo nunca mais voltou. O deserto, a solidão e a proximidade com Deus o haviam conquistado. Sentiu que sua missão era ajudar o mundo não com negócios e palavras, mas com penitências e orações, para a conversão dos pecadores. Disse são Jerônimo que quando a palmeira não tinha frutos, vinha um corvo trazendo meio pão no bico e com isso vivia o santo monge.

Depois de muitos anos, foi descoberto por Antonio do Deserto, ou Antão, o qual foi avisado em sonho, que no deserto existia um monge mais velho do que ele. Paulo estava na caverna, quando se encontraram. Conversavam sobre assuntos espirituais, quando um corvo pousou carregando no bico a ração dobrada: um pão inteiro. Paulo, então, contou a ele sua vida e a experiência dos noventa anos de solidão no deserto. Depois rezaram a noite toda. Pela manhã, Paulo pediu que Antonio fosse buscar o manto que recebera de Atanásio, pois pressentiu que seu fim estava próximo. Antonio ficou emocionado, porque nada havia contado sobre o manto, que ganhara do discípulo. Partiu e quando voltou, não o encontrou mais.

Envolto em mistério e encantamento, ao que tudo indica, Paulo morreu com cento e doze anos em 340, sozinho e em lugar ignorado. Foi um santo singular: não deixou escritos ou palavras memoráveis. Segundo a tradição, no século VI, foi erguido no Egito um mosteiro, em frente ao Monte Sinai, que conserva a sua antiga morada na caverna. Nada mais temos que se ligue, materialmente, a este monge do silêncio, também conhecido como: Paulo de Tebas.

Cerca de oito séculos depois de sua morte, nasceu uma comunidade religiosa com o nome de "Ordem de São Paulo Primeiro Eremita" ou "Eremitas de São Paulo". Uma comunidade que, no início do terceiro milênio, ainda permanece viva e conhecida, tendo sua Casa Mãe, perto do Santuário Mariano de Czestochowa, na Polônia. A Igreja o celebra em 15 de janeiro, data indicada no livro de são Jerônimo.