Ele fazia tudo para ajudar os irmãos na fé, procurando revelar o Deus verdadeiro aos soldados e aos prisioneiros. Secretamente, Sebastião conseguiu converter muitos pagãos ao cristianismo. Até mesmo o governador de Roma, Cromácio, e seu filho Tibúrcio foram convertidos por ele. Em certa ocasião, Sebastião foi denunciado, pois estava contrariando o seu dever de oficial da lei. Teve então, que comparecer ante ao imperador para dar satisfações sobre o seu procedimento.  O imperador da época era ninguém menos que o sanguinário Diocleciano, que lhe dispensara admiração e confiara nele, esperando vê-lo em destacada posição no seu exército, numa brilhante carreira e por isso considerou-se traído. Levado à sua presença, Sebastião não negou sua fé. O imperador lhe deu ainda uma chance para que escolhesse entre sua fé em Cristo e o seu posto no exército romano. Ele não titubeou, ficou mesmo com Cristo. A sentença foi imediata: deveria ser amarrado a uma árvore e executado a flechadas. Após a ordem ser executada, Sebastião foi dado como morto e ali mesmo abandonado, pela mesma guarda pretoriana que antes chefiara. Entretanto, quando uma senhora cristã foi até o local à noite, pretendendo dar-lhe um túmulo digno encontrou-o vivo! Levou-o para casa e tratou de suas feridas até vê-lo curado. Depois, cumprindo o que lhe vinha da alma, ele mesmo se apresentou àquele imperador anunciando o poder de Nosso Senhor Jesus Cristo e censurando-o pelas injustiças cometidas contra os cristãos, acusando-o de inimigo do Estado. Perplexo e irado com tamanha ousadia, o sanguinário Diocleciano o entregou à guarda pretoriana após condena-lo, desta vez, ao martírio no Circo. Sebastião foi executado então com pauladas e boladas de chumbo, sendo açoitado até a morte, no dia 20 de janeiro de 288. Os algozes cumpriram a ordem e, para evitar a sua veneração, foi jogado numa fossa, de onde a piedosa cristã Santa Luciana o tirou, para sepulta-lo junto de São Pedro e São Paulo. Posteriormente, em 680, as relíquias foram transportadas solenemente para a Basílica de São Paulo Fora dos Muros, construída pelo imperador Constantino. Naquela ocasião em Roma a peste vitimava muita gente, mas a terrível epidemia desapareceu na hora daquela transladação. Em outras ocasiões foi constatado o mesmo fato; em 1575 em Milão, e em 1599 em Lisboa, ambas ficando livres da peste pela intercessão do glorioso mártir São Sebastião. No Brasil, diz a tradição, que no dia da festa do padroeiro, em 1565, ocorreu a batalha final que expulsou os franceses que ocupavam a cidade do Rio de Janeiro, quando São Sebastião foi visto de espada na mão entre os portugueses, mamelucos e índios, lutando contra os invasores franceses calvinistas. Ele é o protetor da Humanidade, contra a fome, a peste e a guerra e é claro do cartão postal do Brasil, a cidade maravilhosa de São Sebastião do Rio de Janeiro.